Sauberkeit und Hygiene bestimmen die Qualität der Eier. Zusätzlich werden die Eier auf den Frischegrad untersucht. Wichtig ist das Mindesthaltbarkeitsdatum, das auf jeder Verpackung zu finden ist.

Die Betriebe müssen ein betriebsinternes Hygiene-Management vorweisen. Dieses wird durch externe Rückstandskontrollen und Salmonellenuntersuchungen ergänzt. Legehennen dürfen nur mit hygienisch einwandfreiem Trinkwasser versorgt werden. Regelmäßige Qualitätsanalysen stellen dies sicher. 

Bei den Prüfungen der Betriebe werden Proben des Trinkwassers, des Futters sowie der Eier für Rückstandsuntersuchungen und als Referenzmuster für die Isotopenanalytik entnommen. Dies ermöglicht es, bei späteren Kontrollen im Lebensmittelhandel den Ursprungslegebetrieb eindeutig zu identifizieren und schließt so Manipulationen aus.

Zur Qualitätssicherung werden im Handel regelmäßig Stichproben aus Bio-, Freiland- und Bodenhaltung gezogen.